Nu het weefsel gefixeerd is kan het opgeslagen en geïndexeerd worden in afwachting van verdere bewerking.

De volgende stap is het uitspoelen van het fixatief in een geselecteerd stukje weefsel. Voor paraffine preparaten zijn de stukjes weefsel gefixeerd in picrinezuur het meest geschikt. Na het uitspoelen met gewoon kraanwater wordt het weefsel in een histocassette geplaatst en in een stijgende alcoholreeks ontwaterd. (50%-70%-85%-96%-100%).

Dit duurt enige dagen, daarna gaat het weefsel in een intermedium (een potje met 50% paraffine en 50% xyleen) in een incubatieoventje (58ºC).

Na een dag gaat het weefsel in een potje met 100% paraffine het oventje in en uiteindelijk is het weefsel verzadigd met paraffine en kan het weefsel in een blok gegoten worden.

De opengemaakte cassette wordt gebruikt als de basis waarop het blokje weefsel wordt geplakt.

Nu kan het weefsel worden gesneden op een rotatiemicrotoom.

Het weefsel wordt op een standaard dikte van 4 micron (mµ) gesneden. (een mµ is 1/1000mm, een menselijke hoofdhaar is gemiddeld 100 mµ dik)

De plakjes worden met een penseel opgepakt en in een warm strekbad met gedemineraliseerd water gelegd. Na enige tijd worden de 4 micron dikke drijvende plakjes opgeschept met een schoon objectglaasje en op een warmteplaat te drogen gelegd.

Nu dient de paraffine in het weefsel weer verwijderd te worden. Het weefsel gaat eerst in een xyleenbad, en daarna in een afnemende reeks alcoholen (100%-96%-85%-70%-50%). Hierna volgt het kleuren van het weefsel. Vervolgens wordt een druppeltje UV-insluitmiddel aangebracht, voorzien van een dekglaasje en uitgehard met een UV lamp.

Er zijn bijzonder veel kleuringen mogelijk, vaak zeer complex. Met histochemische kleuringen kunnen specifieke celtypes aangekleurd worden.

De standaard kleuring in de histologie is de Hematoxyline-Eosine kleuring (HE kleuring).

Dit is een tamelijk eenvoudige snel uit te voeren kleuring.

Hieronder een kleine selectie van de meest gebruikte kleuringen.